Para tokoh Islam radikal memahami makna Jihad sebagai perlawanan bersenjata pada pemerintah yang berkuasa di Indonesia yang mereka anggap sebagai Thogut. Mereka menganggap pemerintah Indonesia membantu Amerika Serikat yang saat ini menjadi musuh utama. Jihad dalam perspektif mereka ini hukumnya adalah wajib dan ganjarannya adalah surga. Strategi pencegahan kejahatan yang dilaksanakan oleh Densus 88 Anti teror Mabes Polri dan Badan Nasional penanggulangan terorisme belum terlihat nyata hasilnya secara optimal, hal ini terbukti dengan adanya dua kali ledakan bom bunuh diri tahun 2011.