Setara institute mengembangkan hipotesis bahwa intoleransi adalah titik awal dari terorisme, dan terorisme adalah puncak dari intoleransi. Dengan menggali persepsi publik melalui survei dan penelitian kualitatif, dapat disimpulkan bahwa dalam kasus Indonesia, selain organisasi radikal dan teroris menunjukkan relasi yang cukup dekat, beberapa diantaranya mengalami transformasi dari radikal menjadi teorisme.