Peristiwa ini sampai sekarang masih dilip[utibanyak misteri.Banyak pertanyaan yangtertinggal,misalnya dugaan bahwa pemberontakan ini mungkin sengaja diciptakan Soeharto untuk merebut kekuasaan dari Soekarno.Juga ada teori bahwa Soekarno yang melancarkan pembunuhan karena ingin agar kekuasaannya dapat terus berlangsung dan tidak diancam oleh para Jendral Angkatan Darat.Tetapi,ada juga teori yang mengatakan bahwa CIA berusaha menggulingkan PKI dan Soekarno karena dianggap memihak komunis.CIA di bantu oleh Soeharto yang memiliki sejumlah "dendam:pada pemerintahan Soekarno membuat G-30 SPKI meniunding PKI sebagai dalang, dan menunmpasnya.