Pelanggaran Ham yang berat yang terjadi pada masa sebelum berlakunya UU No. 26/2000 sampai saat ini belum dipertanggung jawabkan secara tuntas sehingga korban atau keluarga korban yang merupakan ahli warisnya masih belum mendapatkan kepastian mengenai latar belakang terjadinya. untuk mengungkap pelanggaran HAM yang berat, perlu dilakukan langkah-langkah konkret dengan membentuk komisi kebenaran dan rekonsiliasi sebagai lembaga extra judicial. tujuan dibentuknya komisi kebenaran dan rekonsiliasi adalah: 1) menyelesaikan pelanggaran HAM yang berat yang terjadi pada masa lalu diluar pengadilan, guna mewujudkan perdamaian dan oersatuan bangsa; 2) mewujudkan rekonsiliasi dan persatuan nasional dalam jiwa saling pengerian. Langkah-langkah yang ditempuh oleh komisi ini adalah pengungkapan kebenaran, pengakuan kesalahan, pemberian maaf, perdamaian, penegakan hukum, amnesti, rehabilitasi atau alternatif lain yang bermanfaat untuk menegakkan persatuan dan kesatuan bangsa dengan tetap memperhatikan rasa keadilan dalam masyarakat.